仮想サーバにICMPルールを設定した複数のセキュリティグループの片方のセキュリティグループを削除したところ、削除しないほうの設定になりません。

egress any/anyの許可ルールを設定している場合、仮想サーバから送信された pingへの応答パケットの許可ルール（ingressでの ping通信の許可ルール）が自動的に生成されます。
そのため、仮想サーバからpingの送信が行われていた場合、片方のセキュリティグループを削除しても、pingの要求に応答し続けます。
削除しないセキュリティグループの egress any/anyの許可ルールを削除して、通信に必要な許可ルールを個別に追加してください。

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機能説明書
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セキュリティグループ機能
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